1. Recuperar, conservar y multiplicar la raza Caballar Chilote.2. Realizar un análisis real de la situación de la población de Caballares Chilotes en la provincia de Chiloé.3. Transferir tecnología, difundir resultados de investigación y promocionar la raza de Caballar Chilote a nivel nacional e internacional.
Formar y conservar un núcleo reproductor de caballos chilotes, que permita disponer de un pool genético parareproducción y estudios. Evaluar el comportamiento de la raza en condiciones de plantel reproductor. Realizar un catastro de la raza caballar chilote en la provincia de Chiloé. Realizar un estudio de viabilidad genética de población de caballares chilotes en la provincia de Chiloé. Transferir los resultados de la investigación a agricultores de la provincia y del país.
Las diversas actividades realizadas en este proyecto permitieron recuperar un genotipo equino que se encontraba en peligro de extinción y obtener resultados en diferentes aspectos. Específicamente, se determinaron aspectos reproductivos, identificándose el período de gestación, lapso parto-celo del parto, duración celo del parto, aptitud maternal y facilidad de parto. También se determinaron aspectos morfológicos, identificándose peso al nacer, peso del ejemplar adulto y su estimación, alzada y estimación de ésta, y longitud corporal y su estimación. En el aspecto genético se diseñaron dendrogramas, destacando el coeficiente de similitud genética entre los individuos del núcleo y la distancia genética con otras razas. Por otra parte, y con el propósito de conocer la situación en que se encontraba esta raza caballar, se realizó en el archipiélago de Chiloé un completo catastro sobre la existencia de ejemplares de caballos que se podían considerar como caballo chilote. Asimismo, se formaron numerosos criaderos de Caballos Finos Chilotes inscritos desde la R.M. a la X Región. De esta manera, se logró oficializar la raza e iniciar el funcionamiento del Registro Genealógico de la misma. Al término de este proyecto de innovación había 24 criaderos de Caballos Finos Chilotes inscritos, con sedes desde la Región Metropolitana hasta el archipiélago de Chiloé. Por último, y como resultado de la oficialización de la raza y la organización de los criadores, se constituyó la Asociación de Criadores del Caballo Fino Chilote (ANACACH), que al momento de terminar el proyecto se encontraba en plena actividad, lo que otorgó un mayor impulso al establecimiento de la raza caballar Chilote. Entre las actividades de difusión desarrolladas en el proyecto se puede mencionar la realización de la sesión constitutiva de la ANACACH, la presentación en la Exposición SAGo de osorno de 24 ejemplares de 9 criaderos diferentes, publicación de antecedentes del proyecto en el "Boletín Mensual Archipiélago" y finalmente la participación en el "Quinto Congreso Iberoamericano de Razas Autóctonas y Criollas" realizado en Cuba entre el 27 de noviembre y el 2 de diciembre de 2000.